（一）办公室

处理机关日常政务，承担有关文件的起草、重要会议的组织、宣传、信息、新闻发布、文秘、保密、信访、财务、安全保卫等工作；编制审计工作规划，安排年度审计项目；审计监督局机关和下属单位的财务收支状况；负责协调特约审计员工作。

（二）法制科

草拟全市审计工作的意见、规章；研究财政经济方面的法规和政策；提出有关建议；组织对全市审计机关和社会审计组织审计业务质量的监督检查；审核与复核局机关的审计报告、审计意见书和审计决定；受理审计行政复议和应诉；组织实施审计普法教育。

（三）财政金融审计科

拟定市级预算执行情况的审计实施方案，汇总审计结果；负责审计市级预算执行情况、市地方税务系统税收征管情况、市级国库办理市级预算资金的收纳拨付情况、县市区政府预算执行情况和决算；负责审计财政局、地方税务局等部门及其下属单位和南阳注册会计师协会的财务收支状况；开展专项审计调查；负责审计全市地方性银行和非银行金融机构资产、负债、损益状况；开展专项审计和审计调查。

（四）行政事业审计科

负责审计与市财政有拨缴款关系的市人大、政协、法院、检察院机关和政党组织、社会团体的财务收支；负责审计市政府有关部门及其下属单位和高新技术开发区的财务收支；组织行业审计、专项资金审计和审计调查。

（五）经贸审计科

负责审计市政府有关部门及其下属单位的财务收支；负责市国有重点企业和国有控股企业财务收支进行审计监督；组织对内部审计的指导和监督；开展专项审计和审计调查。

（六）农业与资源环保审计科

负责审计市政府农业与资源环保主管部门及其直属单位的财务收支；负责审计由市政府农业与资源环保主管部门管理的农林水利、资源环保资金的筹集、管理、使用情况；负责审计县市区政府管理的农林水利、资源环保资金的筹集、管理、使用情况；开展专项审计和审计调查。

（七）社会保障审计科

负责审计由市政府部门和受市政府委托由社会团体管理的养老、医疗、工伤、失业等社会保险基金的财务收支以及各项社会福利、救灾救济、扶贫开发、优抚安置和社会捐赠资金的财务收支；负责审计县市区政府管理的社会保障资金的筹集、管理、使用情况；开展专项审计和审计调查。

（八）固定资产投资审计科

负责对市重点建设项目的预（概）算执行和决算进行审计监督；根据审计署和省厅委托，审计国家、省在我市的重点建设项目的预（概）算执行和决算；对市直单位财政拨款的建设项目的预（概）算执行和决算进行监督；审计市计委、建委和市建设投资方面的财务收支；组织对国有施工企业、房地产开发企业的审计；开展专项审计和审计调查。

（九）外资运用审计科

审计国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支；对世界银行、亚洲开发银行等国际组织提供项目审计公证报告；负责审计国有资产占控股地位的中外合资、合作企业；主管市属境外企业的审计；开展专项审计和审计调查。

（十）人事科（纪检组<监察室>）

负责局机关及下属事业单位的人事和机构编制管理工作；协同办理县市区审计机关负责人的任免事项；组织和指导全市审计系统的教育培训和精神文明建设；负责局机关党风党纪教育和廉政建设；查处违章违纪案件，监督局机关工作人员执纪情况；负责局机关及下属事业单位的政治思想教育。

（十一）机关党委

负责局机关的党群工作。

设置离退休干部工作科。负责局机关离退休人员的服务和管理工作。

市经济审计局内设机构

（一）综合科

拟订全市经济责任审计规范性文件；定期组织召开经济责任审计联席会议，起草综合报告，并向联席会议报告工作情况；负责上报下达、信息、宣传、保密、信访、统计、档案等工作；组织培训全市经济责任审计人员，总结推广经验；向纪检、监督和司法部门移送案件。

（二）党政审计科

依据有关部门经济责任审计的委托建议，组织实施县市区党政正职领导干部的任期经济责任审计工作；受市委、市政府委托，组织实施其他经济责任审计工作。

（三）企业审计科

根据市人民政府的审计指令，组织实施市直国有企业及国有控股企业领导人员（企业的法定代表人）的任期经济责任审计工作。